Фамилия Горков — один из тех случаев, когда основа ясна, а вот её исходный смысл раздваивается. Словообразовательная модель типична для русского севера и центра: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Горков), а корень «горк-» может восходить либо к прозвищу Горькой, либо к топониму Горки.

Самая прямая версия — отчество от прозвища Горькой. В старых говорах «горькой» означало не только вкус, но и несчастного, горемычного человека, того, кому жизнь досталась горькая. Такое прозвище давали не в обиду, а по обстоятельствам — например, вдовцу с малыми детьми или человеку, пережившему пожар. Фамилия Горков в этом случае — «сын Горького», причём звук [к’] в суффиксе смягчился, а финаль -ой перешла в -ов по обычной модели (сравните: Кривой — Кривов, Седой — Се-дов).

Вторая версия — географическая. Фамилия могла возникнуть у человека, который жил в деревне Горки (таких топонимов десятки по всей России) или на возвышенности, которую в народе звали «горка». Тогда Горков — это «выходец из Горок» или «живущий на горке». Версия правдоподобна, но слабее прозвищной: массовые топонимические фамилии в русской традиции чаще оформлялись через -ский (Горский, Горковский), а Горков — более архаичный патроним.

В словаре Б. Унбегауна фамилия Горков не выделена отдельно, но её механизм полностью вписывается в описанную им модель отыменных фамилий на -ов от прозвищ с основой на -ой. Встречается она в основном в северных и центральных областях — Вологодской, Костромской, Ярославской, где прозвища были живучи до XVIII века.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и духовенство (в семинариях иногда давали фамилии от «горькой участи» как намёк на судьбу ученика), и мещане. Единственное, что объединяет всех ранних Горковых, — русское происхождение и связь с бытовым, нецерковным именованием.