Фамилия Горковский — редкий пример, где основной версией происхождения выступает не имя, а географический объект. В основе фамилии, скорее всего, лежит название населённого пункта Горковка. Деревня с таким именем есть в Одесской области Украины. Именно оттуда, по наиболее правдоподобной гипотезе, мог происходить основатель рода Горковских: на Руси и в Малороссии было принято давать прозвище по месту, откуда человек пришёл.

Топонимическая версия не ограничивается одной Горковкой. На Украине множество сёл и деревень с корнем «гор-»: Гора, Горы, Горки. Прозвище Горковский мог получить выходец из любого из этих селений. Суффикс «-ский» в данном случае указывает на принадлежность к местности — типичная модель для фамилий, возникших из географических названий.

Существует и альтернативное объяснение, хотя оно менее правдоподобно. Согласно этой гипотезе, фамилия восходит к уменьшительной форме имени Георгий. В переводе с греческого оно означает «земледелец». В русском языке имя Георгий закрепилось в трёх формах: Георгий, Юрий и Егорий (или Егор). Предположительно, производная форма последнего имени — Егорка, а затем и просто Горка — и могла лечь в основу фамилии. Однако против этой версии говорит то, что фамилии на «-ский» редко образуются от личных имён напрямую, без посредства названия места.

Документальные сведения о носителях фамилии разбросаны по разным регионам. В архивах встречается Горковский Андрей Матвеевич, родившийся в 1865 году в Донской губернии. В белорусских архивах общества «Мемориал» отмечен Горковский Илья Маркович, 1887 года рождения, из деревни Колотово Дриссенского района. А в Книге памяти Саратовской области упоминается Горковский Семен Залманович, родившийся в 1879 году на Сумщине. Такая география подтверждает, что фамилия не закрепилась за одним уездом, а бытовала в разных губерниях, что косвенно говорит в пользу множества независимых очагов её возникновения — от разных деревень с похожими названиями.