Фамилия Горкушкина — форма женского рода от мужской фамилии Горкушкин. В основе фамилии лежит прозвище Горкушка, которое, скорее всего, относилось к человеку, жившему на горке, на возвышенности. В русских говорах слово «горкушка» могло означать небольшую горку, пригорок или даже название деревни, стоящей на холме. Таким образом, первый носитель фамилии получил её по месту жительства: «живущий на горке». Суффикс -ушк- в данном случае имеет уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное значение, что характерно для прозвищ, фиксировавших не столько размер объекта, сколько отношение к нему или его местное название.

Модель образования фамилии стандартна для русского ономастикона: прозвище на -а (Горкушка) + патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Горкушки». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, в отличие от суффикса -ов, который присоединяется к основам на согласный. Встречаются однокоренные фамилии Горкунов, Горкушин, Горков, но Горкушкин выделяется именно уменьшительным суффиксом, что говорит о неформальном, бытовом характере исходного прозвища.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где топонимы с корнем «гор-» особенно часты. Встречается она нечасто, что делает её локально привязанной. Возможно, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, жившими на возвышенности, вокруг которой сложилось прозвище — сначала для одного человека, а затем закрепившееся за всем родом.