Фамилия Гаркушенко — типичный пример украинской фамилии, образованной по модели, распространённой в Поднепровье и Слобожанщине. Её основа — прозвище Гаркуша, а суффикс -енко указывает на родственные связи: буквально «сын Гаркуши» или «потомок Гаркуши». Такая модель была особенно популярна в казацкой среде XVI–XVII веков, где фамилии на -енко фиксировали принадлежность к роду, а не к местности.

Само прозвище Гаркуша, скорее всего, связано с украинским прилагательным «гаркавий» — «картавый». Им называли человека, который нечётко произносил некоторые звуки, шепелявил или картавил. Подобные прозвища по физическому недостатку — обычное дело в народной антропонимии: они были просты, метки и не требовали пояснений. В северных и центральных районах Украины «гаркати» означало именно «картавить», и это значение закрепилось за прозвищем.

Менее вероятная версия выводит Гаркушу от глагола «гаркать» — «резко и отрывисто кричать, угрожать окриком». В этом случае прозвище мог получить человек с громким голосом, который часто прикрикивал на окружающих. Однако эта гипотеза слабее: глагол «гаркать» в значении «кричать» встречается реже и в основном в южнорусских говорах, а не в украинском языке, где «гаркати» — это именно «картавить».

Фамилия Гаркушенко распространена на востоке Украины, особенно в Сумской и Полтавской областях, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани. В России она встречается реже и часто фиксируется в южных регионах. Социальный состав носителей был пёстрым: среди Гаркушенко встречались как казаки, так и крестьяне, а к XIX веку — мещане и духовенство, хотя сословной привязки у фамилии нет.

Интересно, что в документах XVII–XVIII веков прозвище Гаркуша нередко писали без фамильного суффикса — как личное имя или прозвище. Например, в реестрах Запорожского войска встречаются запорожцы с таким прозвищем. Позже, когда прозвище стало наследственным, к нему добавили -енко, и фамилия закрепилась в форме Гаркушенко — как указание на то, что её носитель — сын того самого Гаркуши.