Фамилия Гаркушина образована от прозвища Гаркуша. В его основе лежит украинский глагол «гаркати» — «картавить, не выговаривать некоторые звуки». Прозвище указывало на особенность речи родоначальника: он мог шепелявить или не выговаривать «р». В старину такие прозвища давали без насмешки — просто как отличительный признак человека. Со временем прозвище закрепилось за его детьми как фамильное имя.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Гаркушина буквально означает «жена или дочь Гаркуши», а в более широком смысле — «из семьи Гаркуши». По мужской линии фамилия звучит как Гаркушин.

Это редкий случай, когда фамилия сохранила исходную форму прозвища с характерным украинским суффиксом -уш-. Подобные прозвища на -уша (Гаркуша, Каркуша, Макуша) были распространены в южнорусских и украинских говорах. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных христианских имён, Гаркушина прямо указывает на прозвище, данное по внешнему или речевому признаку.

Фамилия не имеет отношения к слову «гаркать» в значении «кричать, рявкать»: такая версия ошибочна, хотя и встречается в любительских толкованиях. Словарь украинских прозвищ и работы ономастов, в частности Б. Унбегауна, подтверждают связь именно с картавостью. Географически фамилия Гаркушины чаще всего встречается в областях, граничащих с Украиной: Курской, Белгородской, Воронежской, а также в Ростовской области и Краснодарском крае. Встречается и в украинских метриках XVIII–XIX веков, где записана как Гаркушенко или Гаркуша.