Прозвище Гаркуша, от которого образована фамилия Гаркушин, напрямую связано с украинским глаголом «гаркати» — «картавить, не выговаривать звук "р"». Так на юго-западе Руси называли человека с заметным дефектом речи. Если в других регионах за нечистое произношение могли дать прозвище Картавый, то здесь прижился именно Гаркуша. Любопытно, что в основе лежит не столько насмешка, сколько бытовая наблюдательность: прозвище фиксировало характерную примету, по которой человека легко узнавали в деревне.

Фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе Гаркуш- добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. В говорах XIX века суффикс -ин часто указывал на прямое родство: Гаркушин буквально значил «чей?» — сын или потомок Гаркуши. Такая модель характерна для северных и центральных губерний России, что позволяет предположить миграцию носителей прозвища с украинских земель в великорусские области, где фамилия и закрепилась в форме на -ин.

Сам суффикс -уш- в прозвище Гаркуша (от основы «гарк-») придаёт слову уменьшительно-ласкательный или, скорее, бытовой оттенок, как в словах «дедушка», «батюшка». Это не официальное имя, а домашнее, уличное прозвище. В документах XVII–XVIII веков встречаются и другие однокоренные фамилии — Гаркунов, Гаркавенко, но Гаркушин стоит особняком благодаря редкому для русского уха сочетанию «куш» в корне, что делает фамилию легко узнаваемой и непохожей на соседние.