Фамилия Гаркушкин образована от прозвища Гаркушка, которое в свою очередь восходит к украинскому или южнорусскому слову «гаркуша» — так в диалектах называли человека с хриплым, сиплым голосом. Корень здесь тот же, что в глаголе «гаркать» (говорить отрывисто, кричать, а в некоторых говорах — кашлять или издавать гортанные звуки). Таким образом, прозвище Гаркушка могли дать либо обладателю грубого, осипшего голоса, либо тому, кто имел привычку говорить резко, «гаркать». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые типичны для великорусского севера и центра, суффикс -ин указывает на принадлежность: Гаркушкин буквально значит «сын Гаркушки». Эта модель особенно распространена в южнорусских и украинских областях, где фамилии на -ин нередки.

Интересно, что фамилия Гаркушкин почти не встречается в старых боярских или дворянских родословных. Она явно крестьянского или казачьего происхождения. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века носители фамилии фиксируются в основном в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях, а также на Дону. Это подтверждает диалектную природу прозвища: именно в этих краях слово «гаркуша» было в ходу. В центральных и северных губерниях России фамилия встречается редко и, скорее всего, попала туда с переселенцами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Гаркунов, Гаркушенко, Гаркуша — показывает, что все они имеют одну основу, но различаются суффиксами, привязанными к разным регионам. Гаркушенко — типично украинская модель, Гаркунов — русская на -ов, а Гаркушкин занимает промежуточное положение: южнорусская или украинская основа с русским суффиксальным оформлением. Это говорит о том, что предки Гаркушкиных жили на стыке двух языковых и культурных традиций, в зоне активного смешения русского и украинского населения.

Есть и более редкая версия, связывающая прозвище с украинским «гаркуша» в значении «вид дикой груши» или «терпкий плод». В этом случае прозвище могло быть дано по месту жительства — у рощи таких деревьев — или по характеру человека (терпкий, колючий). Однако эта гипотеза менее убедительна: в источниках фамилия Гаркушкин почти всегда фиксируется в контексте, указывающем на голосовую характеристику, а не на ботаническую. Поэтому основным и наиболее правдоподобным остаётся объяснение через хриплый голос или резкую манеру речи.