Фамилия Гуркун происходит от прозвища, в основе которого лежит глагол «гуркати» — то есть «грохотать» или издавать глухой, раскатистый шум. В старину так могли назвать шумного, непоседливого ребенка, который вечно гремит и не сидит на месте. Но прозвище Гуркун могло закрепиться и за взрослым человеком: грузным, неповоротливым, чья походка сопровождалась грохотом, либо за обладателем сильного, громового голоса, слышного издалека.

Сама фамилия — украинского или южнорусского происхождения. Суффикс -ун в прозвищах и фамилиях характерен для восточнославянских говоров и часто обозначает носителя яркого признака или действия (ср. «крикун», «бегун», «ворчун»). Таким образом, Гуркун — это человек, который «гуркает», то есть гремит или грохочет.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов или -ин, фамилия Гуркун сохранилась в форме чистого прозвища, без дополнительного патронимического суффикса. Это указывает на то, что она могла закрепиться в среде казачества или среди свободных крестьян, где фамилии нередко оставались без изменений, передаваясь как личное родовое имя. Сравните с другими однокоренными фамилиями: Гурков, Гуркин, Гурченко — все они восходят к тому же корню «гурк-», связанному с шумом и грохотом, но Гуркун стоит особняком из-за редкого суффикса, делающего её более выразительной и запоминающейся.