Фамилия Гологуш — один из тех случаев, когда прозвище, данное предку, превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную звуковую «непричёсанность». В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, которые образуются от притяжательных прилагательных («чей?»), Гологуш оканчивается на твёрдый шипящий, как и исходное прозвище. Такая модель встречается реже и часто указывает на то, что фамилия закрепилась в письменных источниках позже, уже в том виде, в каком её произносили.

В основе лежит сложение двух корней: «голый» (в значении «бедный», «лишённый покрова» или «открытый») и «гуша» (ухо). Прямое значение прозвища — «голое ухо» или «голыш ушастый». Однако вряд ли речь шла о буквально торчащем ухе. Скорее, это метафора: так могли назвать человека с большими, оттопыренными ушами (которые «голые», то есть не прижаты к голове), либо того, кто не носил шапку в мороз (ходил с «голыми ушами»). В северных и сибирских говорах «голый» часто означало «бедный», поэтому возможно и прозвище бедняка, у которого «гуша» (ухо) обморожено или ободрано — бытовая примета.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где слово «гуша» в значении «ухо» было особенно распространено (сравните украинское «вухо» — ухо, но «гуша» как диалектный вариант). Встречается она и у потомков казаков: запорожцы любили цепкие, звукоподражательные прозвища. Поскольку фамилия недворянская и не получила широкого распространения через духовенство или приказных людей, её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы из южных губерний.

Суффикса в привычном понимании (как -ов) здесь нет: фамилия образована бессуффиксным способом, что для русской ономастики редкость. Это значит, что прозвище Гологуш стало фамилией напрямую, без добавления родового окончания. В старых переписях такой тип фамилий фиксировали реже, чем стандартные «чьи?», поэтому документальных следов XVII века может не сохраниться. Но именно эта нестандартная форма и делает фамилию ценной для историка: она честно сохранила живую речь предка, а не канцелярскую обработку.