Фамилия Гомира — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу подсказывает: корни у неё не великорусские, а скорее южнославянские, польские или еврейские. Самая правдоподобная версия связывает её с польским словом «gomora» — так раньше называли шум, гам, суету, а в переносном смысле — скандал или беспорядок. В таком случае прозвище Гомира мог получить человек шумный, крикливый или неуживчивый.

Есть и другой, более книжный вариант. Фамилия может восходить к библейскому топониму Гоморра (одному из городов Содома и Гоморры). В польской и украинской традиции это название нередко переходило в фамилии — либо как прозвище человека с тяжёлым нравом (намёк на грех и наказание), либо как ироничное мирское имя, данное для отвода сглаза. Подобная модель встречается у фамилий Содомский, Содомов, Гоморский.

Ударение в фамилии плавающее: в польском языке оно падает на предпоследний слог (Гоми́ра), в русском бытовании часто смещается на первый (Го́мира). Географически фамилия встречается в Польше, Беларуси, на западе Украины, а также среди потомков переселенцев в России. В дореволюционных метрических книгах Гомира могла записываться как Гомыра — через «ы», что тоже указывает на западнорусское или польское произношение.

Суффикс -а типичен для прозвищных фамилий польского и белорусского ареала (ср. Коваль, Гончар, Мазура). Это значит, что фамилия образовалась напрямую от прозвища, без патронимического суффикса, что редкость для русского Севера, но норма для запада. Носители фамилии Гомира — почти наверняка потомки выходцев из Речи Посполитой, и их предок получил своё прозвище за характер или за связь с библейским сюжетом, но вряд ли по ремеслу или имени отца.