Фамилия Гонифанидова — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не имя, а его искажённая, народная форма. Если вы встретили эту фамилию впервые, первая мысль — что она связана с именем Гонорий или Гонорат. На деле всё проще и интереснее: это вариант от крестильного имени Иувеналий (от лат. iuvenalis — «юный»), которое в русской простонародной среде превратилось в Гувеналий, а затем в Гонифаний. Такая цепочка звуковых замен (у→о, в→н) типична для диалектной речи, где незнакомое латинское слово переделывали на свой лад.

Суффикс -ов- указывает на стандартную модель русской фамилии XIX века: от полной формы имени отца через притяжательное прилагательное («чей?» — Гонифанидов). Окончание -а — это женский вариант, то есть носительница фамилии — женщина. Мужская форма — Гонифанидов. Встречаемость фамилии крайне низкая, и это не случайно: имя Гонифаний никогда не было распространённым, а его церковная форма Иувеналий и вовсе оставалась книжной.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где сильны были старообрядческие традиции. Именно в среде староверов, которые нередко сохраняли архаичные варианты имён, имя Гонифаний могло держаться дольше, чем в официальной церкви. Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, так как в дворянской среде такие искажённые формы практически не фиксировались.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гонифатов, Гонифашин) показывает, что все они образованы по разным моделям от одного корня, но Гонифанидова — единственная, где сохранился полный суффикс -иан- от исходного имени. Это делает фамилию ценной для лингвиста: она — живое свидетельство того, как книжное церковное слово осваивалось в народе, теряя одни звуки и приобретая другие, но не до конца стирая исходную структуру.