Фамилия Гоникова — женская форма фамилии Гоников, которая образована от мужского прозвища или имени Гоник. В основе лежит суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), то есть Гоников — сын или потомок Гоника. Сама фамилия редкая, и её корень вызывает вопросы.

Самая вероятная версия связывает основу «гоник» с диалектным словом «гонить» — гнать, понукать, торопить. В южнорусских и украинских говорах «гоник» могло означать погонщика лошадей или волов, возчика. Также в некоторых областях так называли ленивого, медлительного человека — с иронией, от обратного действия. Менее убедительна гипотеза о связи с греческой фамилией Гоникос (от «гония» — угол, происхождение), так как суффикс -ов для греческих фамилий нехарактерен и указывает на славянскую адаптацию.

Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или казаков, где прозвища по роду занятий были обычным делом. Судя по географии, Гониковы встречаются в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что подтверждает диалектное происхождение. Ударение в фамилии чаще падает на второй слог: Го́ников, хотя в устной речи встречаются варианты.

Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из массового крестьянского именования. В дореволюционных метриках Гониковы могли записываться через «а» (Гаников) из-за акающего произношения, но исторически корень сохраняет «о».