Фамилия Ганникова — это женская форма, а её мужской вариант, Ганников, образован по стандартной русской модели: к основе Ганник- добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ганника). Но что скрывается за основой? Здесь возможны два основных пути, и оба уводят нас в глубь русской разговорной речи.

Первый и самый вероятный вариант — прозвище Ганник от глагола «ганить» (или «ганять»). В диалектах, особенно южнорусских и украинских, «ганить» означало «порицать», «ругать», «осуждать», а также «гнать», «прогонять». Человек, получивший такое прозвище, мог быть сварливым, бранчливым, склонным к постоянным упрёкам — этакий «ганитель». Либо, наоборот, тот, кого постоянно гоняли, «ганили» — батрак, работник на побегушках. Суффикс -ик в таких прозвищах часто придавал оттенок постоянного действия или свойства: «тот, кто ганит» или «тот, кого ганит».

Второй, более редкий, но тоже возможный корень — от имени Ганна. Это народная, сокращённая форма от канонического имени Агафья или Анна (через украинское и белорусское «Ганна»). В таком случае Ганник — это уменьшительно-ласкательное производное от Ганна, что-то вроде «Ганнушка» или «Ганька», но с редким суффиксом -ик, который мог означать «сын Ганны» (по аналогии с Иваник — сын Ивана). Однако эта версия менее убедительна: фамилии от женских имён встречаются, но редко, и обычно связаны с внебрачными детьми или с особыми обстоятельствами.

Географически фамилия Ганников (и Ганникова) тяготеет к югу России и Украине, где диалектный глагол «ганить» был в ходу. Встречается и в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего были крестьянами или однодворцами — то есть лично свободными земледельцами, жившими на южных окраинах государства.

Интересная деталь: фамилия Ганников могла возникнуть и как «профессиональное» прозвище для человека, который занимался гоном — например, гнал смолу, дёготь или скот. Но в таком случае форма была бы скорее «Гонников» (от «гон»), а не «Ганников». Смена «о» на «а» под аканьем (произношение «ганять» вместо «гонять») как раз и характерна для южнорусских говоров, что делает версию с прозвищем-характеристикой наиболее естественной.

Таким образом, предок современных Ганниковых, скорее всего, был человеком с крутым нравом, любителем покритиковать, или же тем, кого жизнь постоянно «ганила» — гоняла с места на место.