Фамилия Ганиковский — одна из тех, что сразу выдают географию своего происхождения. Суффикс -ский указывает на польское или западнорусское (белорусское, украинское) дворянское или шляхетское происхождение. Такие фамилии чаще всего образовывались от названия местности: имения, села или местечка. В основе, скорее всего, лежит топоним Ганиково или Ганики. Подобные названия встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой — в современной Беларуси, на востоке Польши или в западных областях Украины. Владелец такого поместья или выходец из него получал прозвание «Ганиковский», то есть «тот, кто из Ганикова».

Корень Ганик- может иметь два объяснения. Первое — от имени Ганя, уменьшительной формы крестильного имени Гавриил (через западнорусское Ган, Ганька). Второе, более вероятное, — от прозвища Ган, которое в польских и белорусских говорах могло означать «гон», «бег», «погоня» или относиться к человеку проворному, быстрому. Суффикс -ик в основе часто указывал на уменьшительность или принадлежность: Ганик — «маленький Ган» или «сын Гана».

Сословно фамилия Ганиковский, скорее всего, принадлежала мелкой шляхте или однодворцам — потомкам служилых людей, которые после разделов Польши оказались в составе Российской империи. В отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ев, суффикс -ский в этой среде был маркером статуса, даже если реального дворянства за ним уже не стояло. Встречаемость фамилии сегодня невысока, она остается преимущественно в западных областях России, Беларуси и Украины, а также в среде потомков эмигрантов первой волны.

В написании возможна путаница: в старых метриках фамилию могли записывать как Ганиковский, Ганниковский (с удвоенной «н») или Ганековский. Но исходная форма — с одной «н» — ближе к польской модели Gąsikowski или Ganikowski, где корень не удваивался. Если искать однокоренные фамилии, то это Ганин, Ганичев, Ганьковский — все они восходят к тому же имени или прозвищу Ган.