Фамилия Ганиковская — яркий пример того, как суффикс -ск- выдает не просто место жительства, а дворянское или шляхетское происхождение. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов и -ин, которые образовывались от имени отца, модель на -ский/-цкий в восточнославянской традиции чаще всего указывала на владельческий статус: «из такого-то поместья» или «из такой-то местности». Поэтому Ганиковская — это, скорее всего, бывшая «господская» фамилия, закрепившаяся за родом, владевшим или жившим в населенном пункте с корнем Ганик-.

Основа фамилии — Ганик — неочевидна и редка. Здесь возможны два пути. Первый: уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Ганна (украинско-белорусский вариант Анны) или от имени Гавриил (в народной форме Гаврик, Ганик). В таком случае Ганиковский — это потомок Ганика, то есть Анны или Гавриила. Второй, более географически привязанный вариант: топонимический корень. В Польше и на западе Украины встречаются деревни с названием Ганики (например, в Люблинском воеводстве). Фамилия Ганиковский/Ганиковская могла возникнуть у шляхтича, выехавшего оттуда, или у крестьянина, приписанного к этому имению.

Женская форма Ганиковская — это не самостоятельная фамилия, а вариант, который в дореволюционной России носили незамужние дочери или жены Ганиковского. После 1917 года она закрепилась как неизменяемая фамилия для женщин, что сбивает с толку при поиске родословной: искать корни всё равно нужно по мужской линии — Ганиковский.

В бытовом плане фамилия почти не встречается за пределами западных регионов бывшей Российской империи — Беларуси, Украины, восточной Польши. Это дополнительно указывает на её шляхетские или, реже, мещанские корни. Крестьянам в тех краях фамилии на -ский давали редко, чаще по отцу или ремеслу, так что Ганиковские с высокой вероятностью относились к мелкопоместной шляхте, которая к XIX веку растворилась среди крестьянства, но сохранила фамилию как знак сословной памяти.