Фамилия Гаников образована от имени или прозвища Ганя. В русском языке это уменьшительная форма нескольких крестильных имён: Агафон (в переводе с греческого — «добрый»), Агапий («любимый»), а также Геннадий («благородный»). Исходное имя в быту сокращали до Гани, а затем добавляли суффикс -ик, который в восточнославянской традиции давал ласкательный оттенок: Ганя — Ганик. К основе Ганик прибавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Ганика» или «потомок Ганика».

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда крестьян и посадских людей начинали записывать с отчествами. Суффикс -ик в основе встречается реже, чем -к- или -ок-, что делает фамилию Гаников менее распространённой, чем, например, Ганин или Ганькин. В говорах слово «ганя» могло означать и «простоватый, нерасторопный человек» — не исключено, что в отдельных случаях прозвище Ганик давали по характеру, а не по имени.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: чаще всего она встречается в Архангельской, Вологодской и Кировской областях. В этих краях имя Агафон было особенно популярно в старообрядческой среде, что могло закрепить фамилию в определённых волостях. В писцовых книгах XVII века упоминаются крестьяне Ганиковы в Устюжском уезде — именно там прозвище Ганик фиксируется как самостоятельное имя, без привязки к полному каноническому имени.

Правописание фамилии устойчиво: через «и» в корне, без перехода в «ы» (не Ганыков). Это указывает на то, что основа воспринималась как уменьшительная форма, а не как усечённое имя Ганя с суффиксом -ык (что характерно для украинской модели). Таким образом, Гаников — чисто русская фамилия, возникшая в среде, где ласкательные имена на -ик были нормой.