Фамилия Ганикель — один из тех случаев, когда за русским окончанием и обликом стоит чисто немецкая история. Её основа — не славянское прозвище и не крестильное имя из святцев, а краткая форма древнегерманского имени Хайнрих (Heinrich). Это имя складывается из двух корней: haim («дом», «дворец», «родина») и rīc («власть», «правитель»). Вместе они дают значение вроде «властелин дома» или «могущественный хозяин усадьбы».

От полного имени Хайнрих в немецких диалектах образовалось множество обиходных вариантов: Heine, Heinecke, а также Heineckel. Именно последняя форма — Heineckel — через закономерные фонетические изменения превратилась в Ганикель. В русском языке начальное «H» передавалось как «Г» (отсюда и написание), а суффикс -ель сохранил немецкое уменьшительное звучание. Фамилия эта — не переосмысление, а прямая транслитерация: предок носителя фамилии, скорее всего, был немцем-колонистом, переселившимся в Россию в XVIII–XIX веках, и его записали по обиходному имени или прозвищу Ганикель.

Стоит отметить, что у имени Хайнрих есть и другие национальные версии: Генрих (русская и немецкая литературная форма), Энрике (испанская), Хендрик (голландская). Святой покровитель этого имени — Генрих Уппсальский, один из деятелей христианизации Финляндии. Согласно житиям, он был родом из Англии, прибыл в Швецию вместе с будущим папой Адрианом IV, получил сан епископа и уппсальскую кафедру. В 50-е годы XII века святой участвовал в шведском крестовом походе короля Эрика IX в Финляндию, а после отбытия войска остался там строить церкви и крестить местное население.

В российских архивах фамилия встречается преимущественно в Поволжье, где исторически существовали крупные немецкие колонии. Из архивов УВД Томской области известен Ганикель Андрей Петрович 1896 года рождения, проживавший в Саратовской области. В Книге памяти Ульяновской области упомянут Ганикель Андрей Христианович, родившийся в 1897 году в селе Лауб Саратовской области. Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала среди поволжских немцев-лютеран, а её носители носили двойные имена (Андрей Христианович — буквально «сын Христиана»), что характерно для немецких колонистов.