Фамилия Гоношенко образована от прозвища Гоноша, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «гоношить». Даля он трактуется как «копить, беречь, припасать, собирать». Вполне вероятно, что это прозвище отражало особенности характера и поведения родоначальника фамилии (бережливость, способность к накоплению). Согласно другой гипотезе, прозвище Гоноша ведет свое начало от старолитовского слова gonos, то есть «стадо (коров)». В таком случае прозвище могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок современного носителя фамилии был пастухом. Суффикс -енко, с помощью которого образовалась фамилия Гоношенко, указывает на украинское или белорусское происхождение. Так и прозвище Гоноша закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Гоношенко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гоноша, со временем получил фамилию Гоношенко.