Фамилия Ганношенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была характерна для Поднепровья и Левобережной Украины. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький», «сын такого-то» или «ученик», поэтому Ганношенко — это буквально «сын Ганноши». В основе лежит разговорная форма Ганноша от канонического имени Агафья (греч. Агафа — «хорошая, добрая»). В украинской традиции имя Агафья трансформировалось в Ганну, а от неё появились уменьшительные варианты вроде Ганноша.

Интересно, что в русском языке аналогом той же модели стала бы фамилия Ганношин (с суффиксом -ин), но украинское окончание -енко указывает на восточноукраинское происхождение рода. Фамилия довольно редкая: она почти не встречается в центральных и западных областях Украины, зато фиксируется в архивных записях Харьковской и Полтавской губерний XIX века. Это совпадает с зоной расселения казацкой старшины и крестьян, где фамилии на -енко были массовым явлением.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с прозвищем Ганноша от глагола «ганьбити» (укр. «позорить, ругать») — так могли называть сварливого или ворчливого человека. Но для фамилии такое объяснение слабее: прозвища с негативной окраской редко становились основой для фамилий на -енко, которые обычно образовывались от имён или профессий. К тому же в словаре украинских фамилий Ю. Редько прямо указывает на имя Агафья как источник для форм Ганноша, Ганнуся.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Ганношенко в XIX веке числились в основном как казаки и государственные крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это указывает на её народное, а не шляхетское происхождение. Сегодня фамилия встречается преимущественно на востоке Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в ходе столыпинской аграрной реформы.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ганношенко стоит в одном ряду с Ганнусенко, Ганнущенко и более редкими Ганношевским. Все они восходят к одному имени, но различаются суффиксами уменьшительности: -уся, -уща, -оша. Это показывает, насколько гибкой была украинская система образования фамилий — одно и то же имя могло дать десятки разных вариантов в зависимости от местной диалектной традиции.