Фамилия Ганношин — редкий случай, когда суффикс -ин не указывает на принадлежность отцу, а скорее примыкает к основе, звучащей по-иностранному. В русских фамилиях -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я (Гаврила — Гаврилин), но здесь мы видим корень Ганнош-. Это сразу выводит фамилию за рамки стандартной модели «Иван — Иванов».

Скорее всего, в основе лежит прозвище или вариант имени Ганнош. В русском языке это могло быть искажённое произношение западноевропейского имени Ганс (нем. Hans, краткая форма от Иоганн). В южных и западных губерниях Российской империи, особенно там, где жили немецкие колонисты или было польское влияние, имя Ганс могло обрусеть до Ганнош — с характерным для народной этимологии окончанием, делающим имя более «своим». От этого прозвища и пошла фамилия: Ганнош — сын Ганноша, то есть Ганношин.

Есть и другая версия, менее вероятная, но лингвистически возможная. Фамилия могла образоваться от тюркского имени Ганныш (встречается у башкир и татар) со значением «кровный», «родной». Однако суффикс -ин в русских фамилиях тюркского происхождения встречается реже, чем -ов, поэтому версия с немецким или польским влиянием выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия Ганношин крайне редка. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она фиксируется в основном в Поволжье и на Урале — именно в тех регионах, куда в XVIII–XIX веках активно приглашали немецких колонистов. Предок-носитель фамилии мог быть мастеровым, ремесленником или крестьянином, получившим прозвище за связь с иноземцами или за необычное, «немецкое» имя.

В отличие от фамилий на -ов, которые в крестьянской среде часто указывали на патроним (отчество), Ганношин могло быть уличным родовым прозвищем, закрепившимся за целой семьёй. Это не фамилия дворянского сословия — её носители, судя по архивным данным, были из государственных крестьян или мещан.