Фамилия Ганнова — женская форма, а её мужской вариант — Ганнов. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Ганн, которое могло прийти в русский язык несколькими путями. Самая прямая версия связывает его с немецким словом «gann». В этом случае прозвище Ганн восходит к латинскому «candidus» — «яркий, белый, ясный, красивый». Скорее всего, такое прозвище давали по внешности: светловолосому или светлокожему человеку.

Однако есть и вторая, не менее убедительная версия, которая ведет фамилию к популярному в Европе имени Джон (John). Его уменьшительная или производная форма — Ханн (Hann). Само имя Джон происходит от древнееврейского имени Йоханан (Yōḥānān), что значит «Иегова смилостивился» или «Бог даровал (сына)». Это имя было одним из самых распространенных в христианской Европе, поэтому его производные дали начало множеству фамилий, в том числе и Ганновым.

Фамилия образована по стандартной русской модели с помощью патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Ганна». В русском языке фамилии на -ов/-ев — самые массовые, и Ганнова вписывается в этот ряд, хотя её корень и не славянского происхождения. Стоит обратить внимание на написание: двойная «н» в корне — редкая деталь. В отличие от фамилий Ганова (от Гани, сокращение от Гавриил) или Ганина (от Ганя, уменьшительное от Агафья), здесь ударение падает на первый слог: Га́ннова.

Точное место и время появления рода Ганновых можно установить только через генеалогические исследования, но общая картина ясна: предок носителя этой фамилии был либо человеком с яркой внешностью (белокурым или румяным), либо носил европейское имя Ганн, которое на русской почве превратилось в фамильное прозвище.