Фамилия Ганнов — довольно редкий случай, когда у фамилии на -ов не славянская, а западноевропейская основа. Вопреки ожиданию, в её корне не русское слово, а немецкое прозвище Gann или имя Hann.

Самый прямой путь к значению фамилии — через прозвище Ганн. Оно восходит к латинскому candidus — «яркий, белый, ясный, красивый». Слово прошло через немецкое посредничество, где со временем закрепилось в виде gann. Скорее всего, такое прозвище давали человеку со светлыми волосами, бледной кожей или просто тому, кто выделялся «ясным» нравом и привлекательной внешностью.

Есть и второй путь — ономастический. Ганн могло быть краткой формой европейского имени John, которое в свою очередь восходит к древнееврейскому Yōḥānān — «Иегова смилостивился» или «Бог даровал сына». Имя Джон (и его варианты — Йоханн, Жан, Иван) было одним из самых популярных в Европе, и его уменьшительные формы вроде Ханн или Ганн встречались повсеместно. В этом случае фамилия Ганнов означала бы «потомок человека по имени Ганн».

Какая версия правдоподобнее? Обе рабочие, но первая — с латинским корнем candidus — выглядит изящнее и точнее: она объясняет, почему прозвище прижилось как самостоятельное, а не как простая замена имени. Однако в быту имя John/Hann давало гораздо больше шансов на частотность, так что исключать её нельзя.

С точки зрения словообразования всё просто: к основе Ганн прибавили типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть «сын Ганна». Фамилия могла появиться в среде, где русские или обрусевшие люди контактировали с немцами, шведами или прибалтами. Судя по корню, носители фамилии — не обязательно потомки немцев: прозвище могло прицепиться к любому человеку, которого в округе называли «Ганн» за светлую внешность или в шутку — «по-немецки».

Встречается фамилия редко, в основном в центральной России и на северо-западе, в зонах исторических контактов с немецкими колонистами и прибалтийскими народами. Среди известных носителей — если не считать вымышленных персонажей — данных о громких исторических фигурах нет, что типично для фамилии, возникшей из прозвища и не успевшей обрасти дворянскими ветвями.