Возможно, фамилия Ганненко была образована от имени Гавриил. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский язык переводится как «божественный воин». Согласно другой, менее правдоподобной, версии, она происходит от прозвища Гана из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). В таком случае можно предположить, что предок обладателя фамилии вел образ жизни, в чем-то отличный от общепринятого, за что его и осуждали односельчане. Поэтому Ганненко буквально понималось как «сын Гани».