Фамилия Ганноченко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Анна. Фамилия Ганноченко происходит от имени Ганнок, которое восходит к украинскому женскому имени Ганна. В свою очередь, имя Ганна является диалектным вариантом женского имени Анна. В переводе с древнееврейского языка это имя означает «грациозная», «миловидная». Самой известной женщиной с таким именем была праведная мать Пресвятой Богородицы. Поэтому Ганноченко буквально понималось как «сын Ганнок».