Фамилия Ганнощенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко исторически означал «сын» или «потомок», то есть Ганнощенко — буквально «сын Ганноща» или «потомок человека по прозвищу Ганнощ». Сама основа фамилии неочевидна на первый взгляд, и здесь возможны два основных объяснения.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с личным именем Ганна — украинским вариантом имени Анна. В таком случае Ганнощенко восходит к форме Ганнощ, которая могла быть производным прозвищем или уменьшительным именем от Ганна. Подобные образования (Ганнощ → Ганнощенко) встречаются в украинской антропонимии, где к основе на -а/-я добавляли экспрессивный суффикс -ощ, а затем фамильный -енко. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть сыном или потомком женщины по имени Ганна, либо самого человека, носившего прозвище Ганнощ (например, так могли называть мужчину, который был особенно близок к матери или носил «женское» прозвище по какой-то причине).

Вторая, менее распространённая, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «ганок» (крыльцо, ступенька) или «ганьба» (позор, стыд). Однако фонетически переход от «ганок» к «Ганнощ» маловероятен, а от «ганьба» — ещё менее убедителен. Поэтому версия с именем Ганна выглядит куда правдоподобнее.

Фамилия Ганнощенко — достаточно редкая. Она почти не встречается за пределами Украины и южных регионов России, куда мигрировали украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Географически её можно привязать к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Слобожанщина), где фамилии на -енко особенно распространены. Социально носители фамилии, скорее всего, относились к казацким или крестьянским родам — именно в этих слоях модель на -енко была преобладающей.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие параллели — Ганночка, Ганнущенко, Ганниченко. Все они отталкиваются от того же имени Ганна, но с разными уменьшительными или патронимическими суффиксами. Ганнощенко выделяется среди них редкой формой на -ощ, что делает фамилию необычной даже на фоне многочисленных «енковских» фамилий.