Фамилия Ганнущенко — украинская по происхождению, и её ключ к пониманию лежит в суффиксе и основе. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он означает «сын» или «потомок». То есть Ганнущенко буквально — «сын Ганнущи» или «потомок Ганнушки».

Основа фамилии — Ганнущ- — восходит к имени Ганна, украинскому варианту канонического имени Анна (от древнееврейского «благодать»). Форма Ганнуща — это уменьшительно-ласкательное или обиходное производное, характерное для украинских говоров. Подобные модели (Аннушка — Аннущенко, Маруся — Марусенко) типичны для фамилий, образованных от женских имён. Это сравнительно редкий случай: большинство украинских фамилий на -енко образованы от мужских имён или прозвищ. Появление фамилии от женского имени может указывать на несколько сценариев: либо предок был внебрачным сыном (в некоторых регионах такие фамилии давали по матери), либо мать играла ключевую роль в хозяйстве (вдова), либо имя Ганна было настолько популярно, что стало основой для прозвища самого мужчины («Ганнуща» — человек, связанный с Ганной, например, её муж или работник).

Географически фамилия устойчиво привязана к центральным и левобережным регионам Украины — Черкасской, Полтавской, Сумской, Харьковской областям. В России она встречается реже, в основном как след переселенческих волн конца XIX — начала XX века. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность помещику или службу, Ганнущенко — типично крестьянская или казацкая фамилия, без сословной окраски. Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, известных на всю страну, что подтверждает её «народное» происхождение: это фамилия рядовых селян, ремесленников или казаков, живших на территории современной Украины.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ганнушкин, Ганнусов, Ганненко) показывает, что вариант Ганнущенко — самый «украинский» по словообразованию. Русский аналог (с суффиксом -ин) звучал бы как Ганнушкин, но он не прижился, что лишний раз подтверждает: фамилия сложилась именно в украинской языковой среде, где суффикс -енко был нормой для любой основы, будь то мужское или женское имя.