Фамилия Ганнотченко — редкий случай, когда украинская модель образования на -енко соединилась с основой, не имеющей очевидного славянского корня. Это сразу указывает на то, что перед нами не крестьянская фамилия от имени или ремесла, а скорее поздняя, книжная или искусственная, возникшая в среде духовенства или образованных горожан.

Разберём суффикс: -енко — типичный украинский патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». В XVII–XIX веках фамилии на -енко массово закреплялись за казаками и крестьянами Левобережной Украины, но в данном случае он приставлен к основе, которая звучит иноязычно. Основа «Ганнот-» не встречается в славянских именах или прозвищах. Наиболее вероятное объяснение — это адаптация немецкой фамилии Ганнот (Hannot) или французской Ганно (Hanneau, Gannot). Такие фамилии могли принести в Российскую империю специалисты, приглашённые в XVIII–XIX веках: врачи, инженеры, аптекари, военные. В украинской среде фамилию переделали на свой лад, добавив суффиксацию, чтобы указать на сына или служащего человека — Ганнотченко, то есть «сын Ганнота».

Спорная версия, которую иногда предлагают, — связь с греческим именем Ганна (Ганна — форма Анны) или с тюркским «ган» (кровь). Но она слаба: для Анны в украинском языке есть стандартные фамилии Ганненко, Ганниченко, а тюркский корень не дал бы суффикса -от-. Поэтому версия с западноевропейским корнем остаётся основной.

Географически фамилия Ганнотченко почти не встречается в современных базах данных — это указывает на её крайнюю редкость и, возможно, локальное бытование в одном-двух родах. Скорее всего, предок носителя был человеком не из крестьян: либо священник, получивший фамилию по семинарской традиции (из латинского или немецкого), либо переселенец-иностранец, чьи дети обрусели и взяли украинскую фамилию. Социальный контекст — интеллигенция или мещанство XIX века, а не казачья старшина.