Фамилия Ганночко звучит нехарактерно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. В ней отчётливо видна украинская модель образования с суффиксом -к-, который в восточнославянских фамилиях часто указывает на уменьшительную или принадлежностную форму. В украинском языке суффикс -енк- в фамилиях (как у Шевченко) — один из самых распространённых, а -очк- — его более редкая, ласкательная разновидность. Таким образом, Ганночко — это не что иное, как «маленькая Ганна» или «сын Ганны», где Ганна — украинская форма имени Анна.

Основа фамилии — имя Ганна (Анна). В украинской традиции это имя было очень популярно, и от него образовалось множество фамилий: Ганненко, Ганнущенко, Гануляк. Форма Ганночко — это патроним (фамилия по имени отца или матери), который буквально означает «чей? — Ганночкин». Учитывая, что в украинских фамилиях на -ко ударение часто падает на последний слог, корректное произношение — Ганно́чко.

Интересная деталь: фамилия Ганночко почти наверняка указывает на матрилинейное происхождение. В тех случаях, когда отца не было в живых, он был неизвестен или мать играла главную роль в семье, ребёнка могли записать по материнскому имени. Поэтому предок носителя этой фамилии, скорее всего, был сыном женщины по имени Ганна. Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины, особенно к регионам, где распространён говор с «Г» фрикативным и формами вроде «Ганна». В России эта фамилия встречается редко и почти всегда указывает на украинские корни семьи.