Фамилия Ганочко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза специалисту. Суффикс -ко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он выполнял роль уменьшительности или принадлежности, но со временем закрепился как фамильный показатель. В данном случае он указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение рода.

В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Ган (или Ганя). Самая очевидная версия — это производная форма от канонического имени Агафон (в народном произношении часто звучало как «Гапон» или «Гафон»). Усечение «Ган» от «Гафон» — обычное для живой речи явление. Менее вероятно, но возможно возведение к имени Иван через диалектную форму «Ган» (в некоторых говорах начальное «И» заменялось на «Г»: Иван — Гван — Ган). Третья версия, более редкая, — прозвище Ган, которое в южных диалектах могло означать «крикливый», «шумный» человек (от глагола «ганить» — кричать, бранить, хотя у этого слова есть и значение «порицать»).

Таким образом, фамилия Ганочко образована по продуктивной модели: к основе «Ган» добавили суффикс -очк-, который усиливает уменьшительно-ласкательный оттенок, а затем фамильный суффикс -о. Буквально: «маленький Ганя» или «сын Гани». Это типичная патронимическая фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — чей сын? Ганочков сын, со временем закрепивший фамилию за всем родом.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России (Кубань, Ростовская область), куда украинские крестьяне активно переселялись в XVIII–XIX веках. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, «низовое» происхождение. В написании возможны варианты через «а» (Ганочко) или, реже, через «о» (Гоночко), но первый вариант — основной и этимологически верный, так как корень «ган» сохраняет своё звучание.