Фамилия Ганочкина — женская форма фамилии Ганочкин, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. В отличие от массовых -ов и -ин, суффикс -к- в основе «Ганочк-» указывает на уменьшительную или ласкательную форму имени или прозвища. То есть перед нами не просто «сын Гани», а «сын Ганочки» — человека, которого в быту называли ласково или пренебрежительно.

Корень «Ган-» восходит к разговорным вариантам крестильных имён. Самая прямая версия — от имени Ганна, народной формы канонического имени Анна (через «Аганна» → «Ганна»). На юге России и в Белоруссии такое стяжение было обычным: «Ганна» давало прозвище Ганка, а от него — ласкательное Ганочка. Мужская фамилия Ганочкин, соответственно, означала «чей-то сын Ганочки», то есть сын человека по прозвищу Ганочка. Женская форма Ганочкина закрепилась за дочерью или женой носителя такой фамилии.

Реже основой могло стать имя Ганя — производное от Гавриил или Галактион. Но здесь работает та же модель: сначала имя, потом его уменьшительная форма, потом фамилия. Географически фамилия тяготеет к северо-западу и центру России: в писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Ганка в Новгородской и Тверской землях. Именно там, где «аканье» и мягкое «г» превращали Анну в Ганну, и могла возникнуть фамилия.

С точки зрения сословной принадлежности — это типичная крестьянская или мещанская фамилия. Дворянских родов Ганочкиных в гербовниках нет. Фамилия не редкая, но и не сверхраспространённая: в современных телефонных справочниках она встречается единично, чаще в Тверской, Псковской и Московской областях.

Спорных версий здесь практически нет. Единственная альтернатива — связь с тюркским «хан» через прозвище Ган, но для фамилии с суффиксом -очк- это маловероятно: уменьшительная форма от «хан» звучала бы иначе (Ханочка), и география не та. Так что Ганочкина — это фамилия, в основе которой лежит ласковое обращение к женщине по имени Анна, перешедшее в прозвище, а затем в родовое имя.