Фамилия Гордуновская указывает на происхождение от прозвища или имени Гордун, а суффикс -ский говорит о том, что её носители относились к дворянству или, что чаще, к польской или украинской шляхте, которая перенимала эту модель фамилий. Однако, несмотря на «благородный» суффикс, основатель рода, скорее всего, был человеком из простого сословия, получившим фамилию по имени или прозвищу отца.

Версий происхождения основы две. Первая: Гордун — производная форма крестильного имени Гордий. Точное значение имени Гордий неизвестно, но его возводят к греческому Горгий, что означает «грозный» или «быстрый». Это имя носил фригийский царь, основатель города Гордион, известный легендой о гордиевом узле. Вторая версия, более бытовая, опирается на украинский глагол «гордувати» — «гордиться». В таком случае прозвище Гордун могло указывать на гордый, независимый характер предка.

Фамилия эта редкая. Сведения о её носителях встречаются в сибирских архивах. В документах УВД Томской области упоминаются Гордуновская Анастасия Титовна, родившаяся в 1900 году и проживавшая в Новосибирской области, и Гордуновский Андрей Иванович, тоже 1900 года рождения. Эти записи показывают, что к началу XX века фамилия уже бытовала за Уралом, куда её могли принести переселенцы с запада Российской империи.