Фамилия Горишковский образована от прозвища или мирского имени Горишек. В украинском языке слово «горiшек» означает «орешек», и эта основа — ключ к пониманию фамилии. Если имя было мирским, его давали ребёнку по языческому обычаю: через имя родители связывали малыша с природой, надеясь, что твёрдость и стойкость ореха перейдут к нему. Если же в основе лежало прозвище, то Горишком называли человека с несгибаемой волей, твёрдыми убеждениями либо, напротив, замкнутого и «непроницаемого» — такого, кого трудно «расколоть» или понять, что стоит за его оболочкой.

Сама фамилия стоит на стыке двух словообразовательных моделей. Суффикс -ск-ий типичен для польской, украинской и западнорусской шляхетской традиции, указывая на принадлежность к месту или роду. Однако основа здесь не топоним, а личное имя или прозвище, что встречается реже. Вместе с суффиксом -ов- (Горишков-ский) фамилия указывает на потомка человека по имени или прозвищу Горишек.

В отличие от распространённых фамилий на -ов, вроде Горишков, форма на -ский выдаёт возможное иное социальное происхождение. Такие фамилии чаще носили дворяне, духовенство или казацкая старшина, хотя со временем они могли распространиться и среди крестьян. Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где модель на -ский была особенно популярна.

Версия о происхождении от топонима (населённого пункта вроде Горишки или Горишково) маловероятна: таких названий в доступных источниках не зафиксировано, а связь с «орешком» лежит на поверхности. Таким образом, фамилия Горишковский — это типичный пример прозвищной фамилии, где за личным именем или характеристикой человека стоит образ ореха: твёрдого, стойкого, а иногда и закрытого.