Фамилия Госкоева — один из тех случаев, где на первый план выходит не корень, а модель образования и география. Сразу бросается в глаза суффикс -ев, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность («чей?») и присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. Но в фамилии Госкоева основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или кавказская. Если бы фамилия была исконно русской, мы бы ждали ударения на суффиксе (Госкоева́) или на окончании, но в реальности носители чаще произносят Госко́ева, с ударением на корне, что типично для фамилий из осетинского, ингушского или чеченского языков.

Корень «госк» или «госкъ» может восходить к осетинскому «гос» — «трава, сено» или к тюркскому «көск» — «сила, мощь». В осетинском суффикс -ой/-ай часто образует прилагательные или прозвища, поэтому Госкоев могло означать «сын человека, связанного с сеном» (сенокосца, пастуха) или «сын сильного». Вторая версия — связь с топонимом: в Северной Осетии есть селение Гизель, но фонетически ближе название реки Гизельдон; в таком случае фамилия могла произойти от места жительства, искажённого в русской записи.

На письме фамилия могла меняться: в дореволюционных метриках встречаются варианты Госкоев, Госкаев, Гаскоев. Твёрдый суффикс -ев вместо ожидаемого -ов объясняется тем, что в осетинских и ингушских фамилиях конечный звук основы часто мягкий или йотированный, и русские чиновники фиксировали его на слух как «е». Социально носители фамилии в XIX — начале XX века были в основном крестьянами-скотоводами или горцами, а сама фамилия — не древняя боярская, а относительно поздняя, оформленная при переписях и паспортизации в XIX веке.