Фамилия Говдеенко — один из тех случаев, когда внешне узнаваемая украинская модель образования скрывает за собой редкую или неочевидную основу. Если не считать суффикса -енко, который в восточной Украине был главным показателем патронима (сын такого-то), то корень «Говд» сразу ставит в тупик. В украинской антропонимии нет ходового имени или прозвища «Говда», которое встречалось бы в документах XVII–XVIII веков.

Первое, что приходит на ум, — связь с диалектным глаголом «говдіти», что в некоторых говорах означало «медлить, копаться» или «бездельничать». Если так, то Говда — прозвище медлительного человека. Но эта версия слабая: глагол редкий, ареал узкий, и в массе украинских фамилий прозвища от таких корней почти не фиксируются.

Вторая версия — искажение при записи. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилии часто писали на слух. Исходная форма могла быть Говдей (от личного имени Говдей, которое в свою очередь — народная форма от Евдоким или Авдей). Тогда Говдеенко — «сын Говдея», с закономерным выпадением йота перед суффиксом. Такое стяжение характерно для украинской народной речи: Говдей → Говдєнко. Позже букву «є» заменили на «е» по русской орфографии, и вышло Говдеенко.

Третья, самая правдоподобная гипотеза — фамилия образована от прозвища Говда, которое происходит от украинского «говда» — так в некоторых регионах называли шум, гам, суету. Человек мог получить такое прозвище за крикливость или беспокойный нрав. В словаре украинских прозвищ это слово фиксируется, хотя и редко.

С географической точки зрения фамилия Говдеенко почти не выходит за пределы Украины. Наибольшая концентрация — в Черкасской и Киевской областях, что косвенно подтверждает украинское, а не польское или белорусское происхождение. В списках дворянства и казацкой старшины фамилия не встречается — скорее всего, это фамилия крестьянская или мещанская, оформившаяся в пореформенный период, когда безземельным и малоземельным семьям начали массово присваивать фамилии по отцу.

Таким образом, Говдеенко — украинский патроним на -енко от редкого прозвища Говда, имевшего значение «шумный, суетливый человек». Связь с именем Авдей или Евдоким возможна, но менее вероятна из-за отсутствия промежуточных форм в документах.