Фамилия Говнопердошкин — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, не затуманилось веками, а сохранило исходную грубоватую прямоту. Чтобы понять её происхождение, достаточно разобрать словообразовательную цепочку: в основе лежит двусоставное прозвище Говнопердок или Говнопердошка. Первая часть, «говно», в древнерусских говорах имела не только прямое значение «отходы жизнедеятельности», но и переносное — «нечисть», «дрянь», «нечто низменное». Вторая часть, «пердок» или «пердошка», восходит к глаголу «пердеть» (издавать газы) и в прозвищах обычно указывала на человека с заметной физиологической особенностью, нередко служила насмешливой характеристикой неряхи или того, кто «портит воздух». Сочетание обеих частей усиливало уничижительный оттенок: так могли окрестить крайне неопрятного, нечистоплотного человека или же, что реже, дать намеренно снижающее прозвище с целью «сглазить» или отвести беду (по принципу имянаречения-оберега).

Суффикс -ин в окончании фамилии (Говнопердошк-ин) указывает на модель образования от прозвища, оканчивающегося на -а/-я: Говнопердошка — сын Говнопердошки. Это типичная восточнославянская патронимическая форма, характерная для северных и центральных регионов России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают на юге и востоке, фамилии на -ин чаще встречаются в новгородских, псковских и владимирских землях. Таким образом, географически предки носителя фамилии, скорее всего, происходили из этих областей.

В социальном плане фамилия явно принадлежала крестьянской или посадской среде. В дворянских родах такие прозвища не фиксируются — они были бы невозможны из-за сословных норм. В крестьянской же среде прозвище могло закрепиться за конкретным человеком, а затем перейти к его потомкам как фамилия, причём уже в XIX веке, при массовой паспортизации, его записывали в документах без смягчения или замены. Попытки «облагородить» фамилию, заменив первую часть на «Гов-» или «Говно-» (как иногда делали с фамилией Говорухин), в данном случае маловероятны: слишком узнаваем корень. Поэтому Говнопердошкин — это редкий пример фамилии-документа, сохранившей народную лексику в её непричёсанном виде.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пердошкин, Пердунов, Говнов, Говядин) показывает, что модель Говнопердошкин стоит особняком: она не просто указывает на физиологию, а строит двусоставное прозвище-гиперболу, что в русской антропонимии встречается нечасто. В словарях прозвищ (например, в работе С. Б. Веселовского «Ономастикон») подобные составные формы не зафиксированы, что подтверждает исключительную редкость фамилии. Сегодня её носители, если они есть, скорее всего, сталкиваются с недоумением или шутками, но с точки зрения истории фамилия — ценный свидетель народного словотворчества и бытовой культуры XVII–XIX веков.