Фамилия Говноперышкинский — редкий случай, когда прозвищная основа сохранилась почти без цензурной обработки. В отличие от множества «благопристойных» фамилий, которые скрывают неудобный корень за суффиксами или искажением, эта фамилия прямо указывает на исходное прозвище — «Говноперышкин» или «Говно Перышко». Слово «перышко» здесь, скорее всего, не уменьшительное от пера птицы, а диалектное или просторечное обозначение чего-то мелкого, незначительного, возможно — пушинки, соринки. В сочетании с первой частью прозвище могло означать «человек, который возится с мелочами, но при этом пачкается» или, в более грубом смысле, «мелкий пакостник». В любом случае, основа явно уничижительная, ирония или насмешка.

Суффикс -ский указывает на дворянскую или шляхетскую модель образования фамилий в Речи Посполитой и на западнорусских землях. В XVII–XVIII веках такие фамилии часто получали те, кто владел землёй или имел отношение к администрации, но если основа была прозвищной, то это мог быть и обедневший шляхтич, получивший фамилию по своему хутору или усадьбе, названной в насмешку. Вполне вероятно, что предок Говноперышкинского был мелкопоместным дворянином, чьё владение или хутор окрестили «Говноперышки» — по каким-то местным обстоятельствам (например, плохая земля, спорный участок). Альтернативная версия: фамилия могла возникнуть в среде духовенства, где семинаристам давали «говорящие» фамилии по их поведению или внешности, но суффикс -ский здесь более характерен для светского, а не церковного обихода.

Географически фамилия тяготеет к западу России, Беларуси и Украине, где -ский — массовая фамильная модель. Встречается она крайне редко, в основном в единичных записях XIX–XX веков, и не зафиксирована в крупных ономастических словарях как устоявшаяся. Это говорит о том, что род мог быть малочисленным или фамилия была изменена в советское время (например, на «Перышкин» или «Перепелкин») для благозвучия.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Говнов, Говняев, Перышкин) показывает, что Говноперышкинский — композит, то есть составленная из двух прозвищ фамилия, что встречается редко. Чаще такие «двойные» фамилии возникали при слиянии родов или при передаче прозвища, которое уже было двусоставным. В данном случае, скорее всего, именно прозвище было цельным, а фамилия получена от него напрямую.