Фамилия Говнюковский — редкий пример, где основа сразу бросается в глаза и вызывает вопросы. В отличие от многих фамилий на -ский, которые образованы от названий сёл или церковных имён, эта стоит особняком. Её ядро — просторечное, даже грубое слово «говно», которое в древнерусском языке означало «грязь», «нечистоты», «кал». В старину это слово не несло той табуированной окраски, что сегодня, и спокойно использовалось в быту для описания навоза, болотной жижи или отходов.

Модель образования — суффикс -овск- (-евск-) с окончанием -ий, типичная для фамилий польского, украинского или западнорусского происхождения. Такие фамилии часто указывали на владельца поместья или жителя определённого места. Говнюковский — это, скорее всего, «тот, кто из Говнюков» или «владелец Говнюкова». Представьте себе деревню, хутор или урочище с неблагозвучным названием Говнюки, Говнюково или Говняки. В России и на Украине такие топонимы встречались — их давали бедным, грязным или болотистым местам, где скот увязал в навозе. Крестьянин, переселившийся оттуда, получал прозвище Говнюк, а его потомки, оформляя документы, превращались в Говнюковских.

Вторая, менее вероятная версия — прозвищная. Прозвище Говнюк могли дать человеку неопрятному, работающему с навозом (например, скотнику), или, по народной иронии, наоборот — чистюле. Однако суффикс -ский в прозвищных фамилиях встречается реже: он больше характерен для шляхты и духовенства. Поэтому первая версия — географическая — выглядит убедительнее. В официальных документах XIX века крестьянам нередко присваивали фамилии по месту выхода, и неблагозвучные корни не были помехой: тогда ценилась точность учета, а не эстетика.

Фамилия почти не встречается за пределами Украины, Беларуси и западных областей России. В советское время многие носители могли сменить фамилию из-за её вызывающего звучания, поэтому сегодня Говнюковские — редкость. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами из небольшого села с некрасивым, но метким названием. Никакой связи с бранью тут нет — только суровая бытовая топонимика.