Фамилия Говнюков — яркий пример того, как прозвище, данное человеку несколько веков назад, закрепилось в официальном родовом имени. В основе лежит слово «говно», но его значение в прошлом было шире и не сводилось к современному ругательству. В древнерусских говорах «говно» означало не только нечистоты, но и грязь, навоз, отбросы, а также — в переносном смысле — нечто негодное, никчёмное. Соответственно, прозвище Говнюк мог получить либо человек, чья работа была связана с уборкой нечистот или вывозом навоза, либо, что вероятнее, человек с неопрятным внешним видом, неряха, грязнуля. В крестьянской среде такое прозвище не было редкостью: в условиях деревенского быта чистоту соблюдали далеко не все, и меткое слово быстро прилипало к человеку.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий. Основа «говн-» + суффикс «-юк» (указывающий на лицо, носителя признака) + патронимический суффикс «-ов» (означающий «сын» или «потомок»). Таким образом, Говнюков — это буквально «сын Говнюка». Суффикс «-юк» характерен для южнорусских и украинских говоров (сравните: Костюк, Павлюк), что может указывать на географическое происхождение фамилии: её носители, скорее всего, вышли из южных областей России или с территории современной Украины. В северных и центральных регионах чаще использовали бы форму Говняков или Говнов.

Примечательно, что фамилия Говнюков, несмотря на сегодняшнюю сниженную окраску основы, не является уникальной. В дореволюционных переписях и метрических книгах такие фамилии встречаются, хотя и нечасто. Это говорит о том, что в те времена прозвища давали без оглядки на будущую стигматизацию — они были функциональными, описывали внешность, привычки или род занятий. Позднее, с изменением языковых норм и культурных табу, фамилия стала восприниматься как неблагозвучная, и часть носителей могла сменить её на более нейтральную (например, Говоров или Говорков). Поэтому сегодня Говнюковы — редкая фамилия, сохранившаяся в основном в южных регионах России и в среде казачества, где традиция сохранения родовых прозвищ была сильнее.