Фамилия Говнюченко звучит вызывающе, но за ней стоит обычная для восточной Украины словообразовательная модель. Это типичная украинская фамилия на -енко, что значит «маленький» или «потомок»: Говнюченко — буквально «сын Говнюка» или «малый Говнюк». Такие фамилии массово закреплялись в Запорожской Сечи и на Левобережье в XVI–XVII веках, когда казацкая старшина и крестьяне получали прозвища по внешности, характеру или поступкам.

Основа Говнюк происходит от просторечного «говно». Ономасты (в частности, работы В. Никонова и Ю. Карпенко) отмечают: прозвища с таким корнем в народной среде давали не столько за нечистоплотность, сколько за едкий, сварливый нрав (человек «липнет», как грязь) или за занятие, связанное с вывозом нечистот и золой. В казацких реестрах встречаются прозвища Говно, Говняк, Говнюк, и это не было ругательством в современном смысле — скорее бытовой характеристикой, как фамилии Грязнов, Дрянин, Навозов.

Географически фамилия Говнюченко тяготеет к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко — главный маркер фамилии. В России она встречается редко и почти всегда у потомков переселенцев с Украины. Есть вероятность, что в отдельных случаях корень мог быть переосмыслен: в южнорусских говорах «говняк» иногда называли скупого человека (от «говеть» — поститься, то есть экономить на еде), но это спорная версия, и основной остаётся прямая связь с бытовым прозвищем.

Фамилия не дворянская, не семинарская (искусственные фамилии на -енко давали редко). Её носители — почти наверняка потомки казаков или крестьян, получивших прозвище по меткому слову односельчан. В советское время такие фамилии часто меняли из-за неблагозвучия, но Говнюченко устояла, и сегодня её можно встретить в реестрах Украины, а в России — в единичных случаях.