Фамилия Гойбатировы образована от личного имени Гойбатир, которое складывается из двух тюркских корней: «гой» (жить, здравствовать) и «батир» (богатырь, герой, бесстрашный воин). Таким образом, имя-пожелание означало примерно «живи как богатырь» или «будь здравствующим героем». Давая такое имя сыну, родители надеялись, что он вырастет сильным и храбрым.

Слово «батир» (варианты — батыр, багатур) широко известно в тюркских языках и попало в русские летописи ещё в домонгольскую эпоху. В сочетании с первой частью «гой» оно образует редкую композиту. Похожих фамилий с корнем «батир» в России немало (Батыров, Батиров), а вот основа «гой» встречается реже, что делает фамилию Гойбатировы заметной на фоне однокоренных.

Формант -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: так закрепилось имя основателя рода. В XV–XVII веках, когда происходила массовая фиксация фамилий, многие выходцы из тюркской среды — служилые люди, перешедшие на русскую службу из Золотой Орды, печенежских или половецких степей — получали фамилии по отцовскому имени. Историки подтверждают, что нерусское происхождение имела значительная часть российского дворянства, и фамилия Гойбатировы — один из таких следов восточной культуры в русском ономастиконе.

Фамилия бытует в нескольких вариантах написания: Гойбатиров, Гойбатирова, Гойбатировы. Поскольку она редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, сохранивших память о предке-родоначальнике с тюркским именем.