Фамилия Гоюнов — редкий случай, где исходное слово почти стерлось из живого языка, но его можно восстановить по диалектам и старым записям. В основе лежит прозвище Гоюн, а оно, скорее всего, восходит к глаголу «гоить» — старинному слову со значением «заживлять», «лечить», «давать жизнь». В южнорусских и украинских говорах «гояти» означало «исцелять», а «гоюн» — тот, кто врачует, знахарь, костоправ. Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с диалектным «гой» (крик, шум) — тогда Гоюном могли прозвать крикливого или бойкого человека. Обе гипотезы укладываются в модель образования русских фамилий от прозвищ, но медицинская трактовка выглядит убедительнее: она более конкретна и не требует натяжек.

Фамилия образована по стандартной для русского севера и центра модели: основа Гоюн + патронимический суффикс -ов, который буквально значит «чей?» — «сын Гоюна». Интересно, что фамилия практически не встречается в официальных списках распространенных русских фамилий (например, у Унбегауна или Никонова), что указывает на её узколокальное бытование. Скорее всего, она возникла в одном из сел Владимирской, Костромской или Нижегородской губерний — в зоне, где слово «гоить» ещё помнили в XIX веке. Если предки носителя фамилии жили на юге (в Курской или Воронежской области), прозвище могло быть украинским по происхождению.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Гоев, Гойдин, Гойнов — показывает, что все они редки и не имеют единого центра распространения. Это говорит о том, что фамилия не образовалась от церковного имени (как Иванов или Петров), а осталась прозвищем, которое не успело разойтись по стране. По сути, Гоюнов — это фамилия-свидетельство: она сохранила память о человеке, который в своей деревне был известен как лекарь или знахарь, и это занятие стало его родовым именем.