Фамилия Гпонова — редкий случай, когда написание вводит в заблуждение. На слух и при беглом взгляде она кажется образованной от малопонятного корня «гпон-», но на деле перед нами результат исторических изменений в произношении и записи. Скорее всего, исходная форма фамилии — Губонова или Гуponова, где «б» или «п» со временем выпали или перешли в другой звук, а буква «о» оказалась под ударением, закрепив необычное написание.

Если отталкиваться от реконструированной основы «Губон-», то фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов- от прозвища или имени Губон. В русских говорах слово «губа» имело несколько значений: не только часть лица, но и «губка» (гриб), а также «залив» или «излучина реки». Прозвище Губон могли дать человеку с пухлыми или заметными губами, либо тому, кто жил у речной губы, — в зависимости от местности. Суффикс -он- в основе характерен для севернорусских и сибирских говоров, где он придавал прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, ироничной уменьшительности.

Мужская форма фамилии — Гпонов, женская — Гпонова. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не входит в списки распространённых русских фамилий. Основной ареал, по косвенным данным, может тяготеть к Поволжью или северным областям, где подобные фонетические сдвиги (выпадение согласных в сочетаниях «уб», «уп») встречаются в диалектах. Например, в некоторых говорах слово «губон» произносилось как «гпон», а затем закрепилось в документах.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «гпонить» (значение утрачено или узко местное). Однако надёжных этимологических словарей, фиксирующих такой глагол, нет, поэтому эта гипотеза остаётся спекулятивной. Более правдоподобно, что фамилия Гпонова — это искажённая запись прозвища, связанного с губами или географическим объектом, и её носители — потомки человека, которого в деревне звали Губоном.