Фамилия Грачунов образована от прозвища или нецерковного имени Грачун. В русской ономастике суффикс -ун- указывает на носителя действия или признака: говорун, хвастун, ворчун. Грачун — человек, чем-то напоминающий грача. Птица эта в народной традиции неоднозначна: грач сметлив, криклив, держится стаей, но и падок на чужое, особенно на блестящее. Прозвище могли дать черноволосому, смуглому человеку (по сходству с оперением), либо тому, кто отличался беспокойным нравом, громким голосом или привычкой подбирать всё подряд.

Модель фамилии стандартна для центральной России: основа на твёрдый согласный плюс суффикс -ов. Форма Грачунов — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Грачуна. Такие фамилии закрепились в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей, реже — у служилых.

Встречаются однокоренные фамилии Грачёв, Грачихин, Грачков. Грачунов отличается от них именно суффиксом -ун-, который сейчас почти не продуктивен в фамилиях, но в прошлом давал яркую характеристику человеку. Сравните: Говорунов, Плясунов, Скакунов — все они описывают поведение или внешность.

Географически фамилия редкая. По данным переписей, Грачуновы чаще всего фиксировались в Нижегородской, Костромской и Вологодской губерниях — на территориях бывшего Суздальского княжества, где грачей было много и прозвище могло быть понятным без пояснений. В южных областях, где грач — обычная птица, фамилия почти не встречается, что косвенно подтверждает её северное происхождение.

В написании возможна путаница: не путайте с Грачёновым (от Грачёнок) или Грачиновым (от Грачина — большой грач). Форма с -у- устойчива и восходит именно к прозвищной модели на -ун.