Фамилия Грачунова — женская форма фамилии Грачунов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт модель происхождения. Суффикс -ун- в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвище, образованное от глагола. Сравните: Болтунов (от «болтать»), Храпунов (от «храпеть»). Основа «грач-» в этом случае — не название птицы, а глагольный корень со значением «грачить». В южнорусских и украинских говорах «грачить» означало «громко каркать, кричать по-вороньи» или, в переносном смысле, «говорить невнятно, горланить». Таким образом, Грачун — это человек, который «грачит», то есть обладатель громкого, резкого голоса или привычки много и шумно говорить.

Версия с прямым прозвищем от птицы «грач» тоже возможна, но она менее вероятна для такой модели. От названий птиц обычно образуются фамилии с суффиксами -ов/-ев: Грачёв, Воронов, Соколов. Суффикс -ун- здесь лишний. Если бы предка прозвали просто Грач (за чёрные волосы или любовь к грачиным гнёздам), фамилия звучала бы как Грачов или Грачёв. Наличие «ун» — прямое указание на действие, а не на внешнее сходство.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Курская, Воронежская, Ростовская области. В этих краях слово «грач» и глагол «грачить» были в ходу, а суффикс -ун типичен для местных прозвищ (крикун, ворчун). Встречается она и на Украине, где могла писаться как Грачуненко, но в русском варианте потеряла украинский суффикс -енко и закрепилась в форме на -ов.

Примечательно, что фамилия не дворянская и не купеческая — её носителями были в основном крестьяне и однодворцы южных губерний. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания о «Грачуне Ивашке» из-под Белгорода или «Грачунове Петре» из Воронежского уезда. Это подтверждает, что прозвище было живым и распространённым, а не книжным или заимствованным.

Если коротко: Грачунова — фамилия от прозвища за голос, а не за птицу. Предок был не молчаливым, а скорее тем, кого слышно за версту.