Фамилия Граченко, как и многие фамилии на -енко, имеет отчетливую украинскую или южнорусскую природу. Суффикс -енко в XVI–XVII веках был основным способом образования фамилий в казацкой среде Поднепровья и Слобожанщины. Первоначально он указывал на сына или потомка человека, названного в основе: Граченко — это буквально «сын Грача». Но вот с самим прозвищем Грач не всё так однозначно.

Самая прямая версия — прозвище по птице. Грач — черная, крикливая, заметная птица, и такое прозвище могли дать человеку внешне похожему на грача (смуглому, черноволосому) либо по поведению — шумному, суетливому, любящему быть на виду. В русских говорах слово «грач» имело и переносное значение — так называли вора, мошенника, что тоже могло стать основой прозвища, но не обязательно с негативным оттенком: в среде, где ловкость ценилась, такое прозвище могло быть даже уважительным.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Герасим. В народной речи это имя нередко сокращалось до Граша, Граха, откуда могла возникнуть форма Грач. В таком случае фамилия Граченко — это не «птичья», а патронимическая, от канонического имени. Однако убедительных доказательств этой версии для данной фамилии нет, и лингвисты склоняются к прозвищному происхождению.

Интересно, что фамилия Граченко почти не встречается в центральных великорусских губерниях, зато плотно расселена на территории современной Украины, особенно в Черкасской и Полтавской областях, а также в прилегающих районах России — в Курской и Белгородской областях. Это как раз те земли, где в XVII–XVIII веках активно формировались казацкие фамилии на -енко. Так что предки большинства современных Граченко, скорее всего, были не крепостными, а свободными казаками или мещанами, получившими фамилию по уличному прозвищу.