Фамилия Грибоненко — яркий пример украинской модели фамилеобразования с суффиксом -енко. Этот суффикс, ставший визитной карточкой украинских фамилий, указывает на происхождение от отца или предка: буквально «Грибоненко» означает «сын Грибони» или «потомок Грибони».

Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Грибоня, которое, в свою очередь, образовано от слова «гриб». В славянской ономастике прозвища, связанные с грибами, встречаются нередко. Они могли указывать на внешность человека — например, на коренастую фигуру или широкополую шляпу, напоминающую гриб. Но чаще такие прозвища давали по роду занятий: сборщику грибов, торговцу ими или человеку, жившему в лесистой местности, где грибы были основным подспорьем.

Словообразовательная цепочка здесь простая: Гриб → Грибоня (ласкательная или пренебрежительная форма, как «Ваня» от «Иван») → Грибоненко. Суффикс -он- в основе Грибоня — редкий для украинских прозвищ, но встречается в диалектах; он мог придавать оттенок уменьшительности или, наоборот, указывать на крупный размер (ср. «грибонище»).

Географически фамилия Грибоненко почти наверняка привязана к центральной или восточной Украине, где суффикс -енко особенно распространён. В России она встречается редко и, скорее всего, является результатом миграции украинских крестьян в XIX–XX веках. В переписях и метрических книгах фамилия не фиксируется в больших количествах, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в пределах одного села или волости.

Сословно Грибоненко — типичная крестьянская фамилия. В Украине фамилии на -енко в массе своей принадлежали казакам и свободным крестьянам, а не дворянству. Никаких известных носителей с громкими титулами или широкой известностью у этой фамилии нет — она осталась в тени истории, что типично для большинства родовых прозвищ, не попавших в элиту.