Фамилия Губеня — яркий пример украинской модели фамилий, образованной с помощью уменьшительно-ласкательного или пренебрежительного суффикса -еня. Этот суффикс (наряду с -ук, -юк, -енко) характерен для западных и центральных регионов Украины, особенно для Волыни, Подолья и Галичины. В русской традиции такие фамилии встречаются редко, поэтому Губеня почти наверняка имеет украинские корни.

Основа фамилии — Губ- — восходит к прозвищу Губа. В славянской ономастике слово «губа» имело несколько значений. Самое очевидное — человек с заметными, полными или припухлыми губами. Но в диалектах слово «губа» могло означать «губка» (в смысле нароста на дереве) или даже «губастый» — обидчивый, надутый. В польском и украинском языках «губа» также могла быть синонимом «гриба» (губчатый гриб-трутовик), что добавляет версию о прозвище грибника или человека, собиравшего лесные дары. Однако самая распространённая версия — прозвище по внешней особенности.

Таким образом, Губеня буквально означает «маленький Губа» или «сын/потомок Губы». Это типичная «патронимическая» (по отцу) или «прозвищная» форма: сначала человека прозвали Губой, а его детей или внуков — Губенями. Со временем прозвище закрепилось как фамилия.

Стоит отметить, что в русском языке существует схожая фамилия Губин (с суффиксом -ин), но Губеня — это совершенно иная, южнорусская или украинская словообразовательная модель. Встречается также фамилия Губенко (с более распространённым суффиксом -енко), но Губеня — более редкий вариант, указывающий на возможное происхождение из западных областей Украины, где такие суффиксы были в ходу. Социально предки Губени могли быть крестьянами или казаками — в этих средах прозвища по внешности давали особенно часто.