Фамилия Гущеня образована от прозвища Гуща. В старину так называли густую похлебку из ячменя с горохом, поэтому прозвище могло указывать на род занятий: предок был поваром, умельцем готовить сытную еду. Но у слова «гуща» было и другое значение — чаща, густой лес. В этом случае прозвище привязывали к месту жительства: человек жил в лесу или рядом с ним.

Фамилия построена по модели «прозвище + суффикс -еня». В белорусской и западнорусской традиции суффикс -еня (как и -оня, -аня) означал «сын такого-то» или «потомок». То есть Гущеня — буквально «сын Гущи». Это типичная фамилия-патроним, которая закрепилась за потомками человека по прозвищу Гуща.

В исторических документах встречаются родственные имена. У С. Б. Веселовского записаны: Иван Гуща, крестьянин (1498 год, Новгород), Григорий Федорович Гуща Колычев (конец XVI века), а также Кузьма Иванович Гущин (1608 год). Эти записи показывают, что прозвище бытовало на северо-западе Руси и в среде служилых людей. Со временем прозвище вытеснило первоначальное крестильное имя и в документах стало восприниматься как наследственное — отсюда и фамилия Гущеня.

Географически фамилия тяготеет к западным областям: Беларуси, Смоленщине, Брянщине. Суффикс -еня характерен именно для белорусской ономастики, реже встречается у украинцев и поляков. В русских фамилиях чаще используют суффиксы -ов/-ев или -ин, поэтому Гущеня выделяется как региональный вариант.