Фамилия Губитуби в русском ономастиконе — случай настолько редкий, что её происхождение приходится реконструировать не по типовым моделям, а по косвенным лингвистическим и историческим следам. Первое, что бросается в глаза — нехарактерное для русских фамилий окончание на -и. Это исключает стандартные суффиксы принадлежности (-ов, -ев, -ин) и указывает на то, что перед нами, скорее всего, вариант фамилии, застывшей в форме множественного числа или родительного падежа, что типично для украинских, польских или еврейских фамилий, либо для фамилий, образованных от прозвищ в форме прилагательного.

Самая правдоподобная версия — фамилия Губитуби восходит к сложному прозвищу, которое могло звучать как «Губи ту би» или «Губи-туби». В основе лежит глагол «губить» (уничтожать, портить) и, возможно, частица «ту» или «то» (указательное местоимение в древнерусском или диалектах). В таком случае прозвище могло означать «губитель того» или «погуби то» — то есть человека, который что-то разрушает или портит. Вторая часть «би» может быть сокращением от «бить» или от украинского «бий» (бой). Таким образом, прозвище могло нести значение «бей-губи» или «губи и бей», то есть агрессивное, боевое прозвище, данное драчуну или воину.

Нельзя исключать и иноязычное происхождение. Фамилия могла возникнуть в среде тюркских народов, где «губи» может быть вариантом слова «куби» (сосуд, кувшин) или «губ» (берег), а «туби» — «туб» (соль). Однако для русского уха это сочетание звучит как игра слов, что делает версию с прозвищем более вероятной. В любом случае, фамилия Губитуби — не дворянская и не аристократическая: она из крестьянской или казачьей среды, где прозвища часто были яркими и запоминающимися, нередко с оттенком иронии или грозы. Носитель такой фамилии мог быть либо задирой, либо человеком, который «губил» врагов в бою, либо просто получил прозвище за склонность к разрушению.