Фамилия Губницына — женская форма, а её мужской вариант Губницын. Это одна из тех фамилий, чья основа вызывает удивление: при чем тут «губница»? Ответ лежит в быту северных и центральных губерний России. «Губница» или «губник» — это не женское лицо, а гриб: так в народе называли подосиновик, подберезовик или любой съедобный гриб с губчатой шляпкой. Слово образовано от «губа» в старорусском значении «губка, пористый гриб». Прозвище Губница могли дать грибнику, торговцу грибами или человеку, жившему в местности, богатой грибными лесами.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Губницын — буквально «сын Губницы», то есть потомок человека с таким прозвищем. Важно не путать эту фамилию с Губкиным (от «губка» как уменьшительное) или Губиным (от личного имени Губа). Губницын — редкий случай, когда основа сохранила архаичное слово, почти утраченное в современном языке. В словарях фамилия не фиксируется как распространенная, и её география узка: вероятнее всего, она возникла в северных областях, где диалектное «губница» бытовало дольше.

Ономастические справочники, например работы Б. Унбегауна, подтверждают, что фамилии на -ицын/-ицына часто образовывались от прозвищ с суффиксом -иц(а), обозначавших лиц по занятию или характерному признаку. Так что Губницын — это не про «губы» в современном смысле, а про лесной промысел. Предок носителя фамилии, скорее всего, был грибником, знал места и кормил семью дарами леса.